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到西漢末年，有人發現了秦朝以前、用篆文寫的古書。古書和“今書”的不同，就更讓人質疑了。隨後，出現了大量古書（後世證明大多是偽造），於是古文經學興起。它的主要思想是：溯本求源，尋求經典的本來意義，而不管時代的變化。
今文經學是學校的官方教材，一直到東漢都是如此，而古文經學則在民間流傳。
西漢末年的王莽改製，讓儒學遭到巨大挑戰。王莽是當時儒家學者一致認同的“新聖人”，按儒家的“天道”輪替，和平地取代了西漢。然後，他又按儒家的理想，進行社會大變革，結果卻是“前所未有”的大失敗。這場失敗可以說是儒學的一次“完敗”，刻骨銘心。
自王莽以後，儒家學者就閉口不再談“天道”，也不談改革了。今文經學不再談改革，就隻是官場的敲門磚，冇有了活力。而“讀書人貴族”也失去了改造現實世界的宏偉誌向，人生奮鬥的目標變得模糊。“與世無爭”的古文經學就更加盛行了。
建立東漢的劉秀，是個從儒家學校畢業的學生。他上台後，更加強化了儒學的地位。公元56年，他“宣布圖讖於天下”，將讖緯之學官方化了。讖[]是預示吉凶的隱語，也就是預言，發展到現代就是求簽。緯是緯書，與經書並列，是將孔子神化的一類書。說白了，緯書就是孔子創造世界的“《聖經》”。
公元79年，東漢召開全國經學討論會，即白虎觀會議。會議統一思想，將讖緯與原來的今文經學融合，成為了學校的法定教材。與此同時，基於儒學的國家祭祀體係也建立起來了，如封禪、明堂、郊祀祭天等等。可見這時，儒學的宗教氛圍非常濃厚，已經變成了“儒教”，並且是東漢的國教。
與西方做一個對比，儒教相當於“基督教”，儒家學校就相當於“修道院”，而讀書人就是“修道士”。東漢的政府官員清一色全都是“修道士”，可見東漢是****的國家，是儒教的專政！其中士族相當於“紅衣主教”，是儒教專政中最核心的權貴。
如同西方的“中世紀”，在****的體製下，“兩手都抓，兩手都硬”，思想上“不可置疑”，武力上也“無可匹敵”。因此這種體製，就像是一塊大鐵板，難以撼動。西方用了整整1000年才走出中世紀，中國又會如何呢？
我突然明白了，這場折磨中國長達400年的巨大“浩劫”，就是中國人試圖打破儒教專政，努力走出“中世紀”的艱難抗爭。
宦官“乾政”，可以說是最直接抗爭！
宦官大多出自平民（除了少量處以宮刑的罪臣外），而不是儒教“修道士”。宦官並不是隻會“低三下四”照顧主子的傭人，而是負責宮中事務，甚至掌管軍隊的內朝官員。他們的實際執政能力未必比隻重道德的“修道士”差，比如造紙的蔡倫就是負責供應宮中物品的宦官。
東漢末年（178年），在宦官的支持下，漢靈帝設立了鴻都門學。這所學校，不學儒家經典，而是以辭、賦、書、畫等文藝為主要內容，學生畢業後也可以當官。開辦非“儒學”的學校，可以說從根本上動搖了儒教“專政”的根基。這也就是“黨人”為什麼如此痛恨宦官，非要把他們趕儘殺絕的原因了。
順帶一句，偏文學藝術的鴻都門學，出乎意料地激發了中國人的文藝天賦。這使得魏晉以後，文藝得以蓬勃發展，遠超漢朝。
這時，佛教自東漢初年傳入中國，已有上百年，但一直水土不服。而中國本土的道家，受到了這個外來宗教的極大影響，發展形成了道教。184年，席卷全國的黃巾起義，就是道教對儒教專政的一次宗教革命！
有人說，不對啊，黃巾起義是披著宗教外衣的農民起義！要知道，黃巾起義的原計劃是“勾結”宦官，在京師洛陽起事，可見它的成員構成，絕不是隻有農民那麼單純。而且，“歲在甲子，天下大吉”，黃巾軍的政治目標是要奪取天下，而不是“打土豪，分田地”而已。
在人類曆史上，一個宗教的產生，是需要“天大”的機緣巧合的！你看全世界幾千年，有影響力的宗教，屈指可數。而黃巾起義是道教第一次“登台亮相”，毫無疑問，它的宗教意義要遠遠大於農民起義。
三國時期，張魯在漢中的“五鬥米道”，就是用道教來統治天下的一次真實實踐。這就是為什麼曹操在赤壁之戰後，關中尚未平定，就急匆匆想越過關中，去攻打張魯的一個背後原因。
黃巾軍被平定了，張魯被消滅了，但道教並冇有滅絕，依然在民間流傳。到南北朝時，道教進行宗教改革，放棄了奪取天下的政治訴求，與儒學融合，成為影響中國的一個大宗教。
公元189年，董卓進京，廢立皇帝，各州郡起兵反對，從此群雄割據，天下混亂。最主要的原因，是新立的漢獻帝的合法性存疑，得不到大家的承認。但也說明，對於袁紹、曹操這些“群雄”，已經敢於挑戰“君臣”禮儀。儒教的“不可置疑”的地位已經開始動搖。
曹操的父親是大宦官曹騰的養子，算是宦官身世。曹操的思想偏法家，在統一北方後，他曾多次提出要“唯才是舉”，試圖打破儒教“修道士”的壟斷。
諸葛亮也是典型的法家思想，所以隻能隱居隆中，得不到儒教“修道士”的認可。如果不是劉備三顧茅廬，他恐怕永無出頭之日。
曹操、諸葛亮雖然是一方的大Boss，都極力推崇法家，但依然無濟於事，無法動搖儒教“專政”的根基。因為所有學校都隻學儒學，天下冇有“批量生產”法家人才的機製！
種種直接對儒教專政的抗爭，全都失敗了。但思想上的抗爭，冇有停下腳步。魏晉時流行玄學，玄學的主旨是“玄之又玄，眾妙之門”。“玄”就是深，意思是：不斷地深入思考，才能發現問題的本質。這種探索精神本身，便是對儒教的深深質疑。